پس از انقلاب فرهنگی و بازگشایی دانشگاه ها، در سال 1362 این "جهاد دانشگاهی" بود که عهده دار و متولی فعالیتهای فرهنگی دانشگاه ها شد. از همان ابتدا نیز "فعالیتهای قرآنی" همواره به عنوان محور و شالوده اصلی فعالیتهای فرهنگی جهادگران دانشگاهی مطرح بود و مجموعه معاونت فرهنگی جهاد دانشگاهی نسبت به گسترش و تعمیق فعالیتها و برنامه های قرآنی در دانشگاهها توجه ویژه ای مبذول داشت. این فعالیتها عملاً از سال 1364 با برگزاری نخستین دوره مسابقات سراسری قرآن کریم دانشجویان شکل منسجم و مشخصی به خود گرفت. مسابقاتی که از آن سال به بعد به صورت منظم و مستمر برگزار شد و ادامه پیدا کرد و سال 1388 بیست و چهارمین دوره این مسابقات توسط این سازمان برگزار شد. در طول بیست و چهار دوره، جمعاً حدود 3 میلیون نفر از دانشجویان عزیز میهن اسلامی¬مان در این مسابقات شرکت کردند. از افتخارات جهاد دانشگاهی این است که بسیاری از نخبگان و برجستگان قرآنی کشورمان که در عرصه های بین المللی نیز خوش درخشیده اند، حداقل در یکی از دوره های مسابقات سراسری قرآن دانشجویان جهاد دانشگاهی شرکت کرده و حائز رتبه شده اند.                

فعالیتهای قرآنی جهاد دانشگاهی با تشکیل"دبیرخانه دائمی مسابقات قرآنی دانشجویان"وارد مرحله جدیدی شد. این دبیرخانه دائمی به منظور منظم کردن و نشر و گسترش کمی و کیفی فرهنگ متعالی قرآن کریم در دانشگاهها از طریق ایجاد فضای رقابتی و هدفمند در میان دانشجویان در جهاد دانشگاهی تشکیل شد. گذشت زمان بر غنای این حرکت فرهنگی افزود و کیفیت برگزاری آنر ا ارتقاء داده است و ماحصل زحمات و تلاشهای همکاران و مسئولان این دبیرخانه در گسترش و بهینه سازی فعالیتهای قرآنی دانشگاهیان، نقش بسزایی ایفاء کرده است.      

گستردگی فعالیتهای قرآنی جهاد دانشگاهی تا به آنجا ادامه یافت که برای استمرار و تقویت این فعالیتها، ایجاد و استقرار سازمان مشخص و نظام مندی ضرورت پیدا کرد. بر اساس این ضرورت و نیز عزم جزم مجموعه جهاد دانشگاهی به منظور توجه ویژه به فعالیتهای قرآنی بود که مرکزی مستقل و با اساسنامه و تشکیلات مشخص در سال 1380 با عنوان "مرکز فعالیتهای قرآنی دانشجویان کشور" به تصویب هیأت امنای جهاد دانشگاهی رسید. به یمن خلوص و تلاش شبانه روزی جهادگران دانشگاهی، اندک اندک بر کمیت و کیفیت توانمندیها و فعالیتهای این مرکز افزود. تا اینکه با گذشت 2 سال،  به عنوان"سازمان فعالیتهای قرآنی دانشگاهیان کشور"  و سپس با عنوان « سازمان قرآنی دانشگاهیان کشور» وارد عرصه جدیدی گردید.